Izby morskie są zorganizowane na wzór sądów powszechnych.

Organami I instancji są:
- Izba Morska przy Sądzie Okręgowym w Gdańsku z siedzibą w Gdyni
81-354 Gdynia, pl. Konstytucji 5, tel. (58) 620- 73-15,(58)699-63-15
- Izba Morska przy Sądzie Okręgowym w Szczecinie
70-207 Szczecin, pl. Batorego 4, tel./fax: 433-67-82, tel.440-33-32

Organem II instancji jest:
- Odwoławcza Izba Morska przy Sądzie Okręgowym w Gdańsku z siedzibą w Gdyni 81-354 Gdynia, pl. Konstytucji , tel./fax (58)621-87-77, tel.(58)699-63-08, e-mail: Adres poczty elektronicznej jest chroniony przed robotami spamującymi. W przeglądarce musi być włączona obsługa JavaScript, żeby go zobaczyć.

W skład każdej z wymienionych Izb wchodzą:

- przewodniczący oraz jeden lub więcej wiceprzewodniczących, którzy są sędziami sądów powszechnych, posiadającymi znajomość zagadnień morskich w zakresie spraw należących do właściwości izb morskich,
- ławnicy posiadający kwalifikacje zawodowe i praktykę w zakresie zagadnień występujących w sprawach rozpoznawanych przez izby morskie.

Strukturę organizacyjną izby morskiej stanowią:
1) przewodniczący i wiceprzewodniczący izby morskiej;
2) inspektorzy dochodzeniowi;
3) sekretariat;
4) główny księgowy.
Izby są dysponentami środków budżetowych III stopnia.

Przy izbach morskich działają Delegaci Ministra Infrastruktury jako rzecznicy interesu publicznego. W sprawach wypadków morskich przy pracy ma prawo uczestniczyć w postępowaniu przed izbami morskimi również inspektor pracy.

Zwierzchni nadzór nad izbami morskimi sprawują:

- Minister Sprawiedliwości nad przewodniczącymi i wiceprzewodniczącymi izb morskich oraz nad trybem postępowania, a nadzór bezpośredni w tym zakresie prezes sądu okręgowego, przy którym działa izba morska,
- Minister Infrastruktury w pozostałym zakresie.